工具集

Trail of Bits 出品的技能：审计接入 AI 编码 agent（Claude Code Action、Codex、Gemini CLI 等）的 GitHub Actions 工作流，检测提示注入、env 变量中转、危险沙箱配置与通配符 allowlist 等越权风险。

Trail of Bits 出品，从安全视角审查 PR、提交或 diff：结合 git blame 追溯历史、按调用方数量估算改动影响范围、检查测试覆盖缺口，输出 Markdown 审查报告。

Trail of Bits 出品，从一个已确认的漏洞出发提炼根因，编写并逐步泛化 CodeQL / Semgrep 查询，在整个代码库里查找同类变体并分级报告。

安全公司 Trail of Bits 的插件市场，收录 40 多个插件，覆盖代码审计、CodeQL / Semgrep 静态分析、变体分析、供应链风险、智能合约安全与逆向分析。Codex 也可以直接加载。

Trail of Bits 出品的技能：审计 npm、PyPI、Go 依赖的供应链风险——直接依赖与整棵锁文件树的已知漏洞公告、已弃用或归档的上游、npm 发布者集中度、安装期脚本执行。需要 uv，建议配置已登录的 gh。

用同一套选择器语法查询、修改和转换 JSON、YAML、TOML、XML、CSV、HCL、INI 等格式的数据，可以直接改写配置文件，也能在格式之间互转，适合 agent 在脚本里处理结构化数据。单个无运行时依赖的二进制文件，用法类似 jq / yq。

用 SQL 实时查询云资源与 SaaS API：安装插件后，AWS、Azure、GCP、GitHub、Kubernetes 等服务被映射为数据表，直接 select 取数，无需 ETL。单一二进制，内置 Postgres。

纯 C/C++ 实现的扩散模型推理工具，用 sd-cli 一条命令在本地运行 SD、FLUX、Qwen Image、Wan 等模型生成或编辑图片与短视频，Mac 可用 Metal 加速，不依赖云服务。需要自行下载模型权重，并从 Releases 下载预编译程序或自行编译。

OpenAI 官方 Codex 插件：从 BCL/FASTQ 测序数据出发，引导完成质控、RNA-seq 差异表达、单细胞、变异检测、宏基因组等分析，优先用 nf-core 等公开流程并留下可复现的运行记录。需要 Codex 和本机生信工具（插件会先检查并给出安装计划）；结果仅供科研，临床使用须专业人员复核。

在 Codex 里按 OpenAI 最佳实践开发：调用 OpenAI API、用 Agents SDK 构建和部署代理、搭建 ChatGPT App 并生成提审材料，可直接创建 API Key。OpenAI 官方维护，仅支持 Codex。

创建、修改与校验可复现的 Python / SQL Jupyter Notebook：按分析报告或教程结构组织单元格，结论对照实际输出，交付前从头到尾执行一遍。OpenAI 官方维护，属于 openai/plugins 的 Data Analytics 插件。

OpenAI 官方 Codex 插件：内置约 50 个技能，按问题路由检索遗传学、组学、通路、蛋白结构、化学与临床证据，可用并行子代理分头取证，再综合成有出处的结论。

OpenAI 官方 Codex 插件，含 18 项技能：为数据选图并设计、实现、测试与导出网页图表、地图、仪表盘、甘特图与 UML，支持 D3、Vega-Lite、Three.js，重视无障碍与响应式。仅支持 Codex。

OpenAI 官方网页数据可视化技能组，共 18 个：图表选型与点评、D3、Canvas、Three.js、地图、统计不确定性、实时看板、甘特图、UML 与滚动叙事等。随 Codex 插件发布，单独安装时拿不到插件级参考资料。

OpenAI 官方生命科学技能组：49 个技能用 Python 脚本查询 UniProt、ClinVar、gnomAD、AlphaFold 等公共数据库，另有路由技能拆解问题、规范实体并汇总有出处的证据。主要按 Codex 编写。

对整个仓库或 PR、提交等代码变更做安全扫描，并提供威胁建模、漏洞研判、修复与复验，报告可导出 JSON、SARIF 等格式。OpenAI 官方 Codex 插件，需要开通 Codex Security 访问权限。

OpenAI 官方数据分析技能组，覆盖数据质量评估、KPI 设计、指标异动诊断、看板与分析报告、市场规模测算和 Notebook。随 Codex 插件发布，部分技能依赖其运行环境。

OpenAI 官方 Codex 插件：用数据回答产品与业务问题，覆盖指标异动诊断、KPI 设计、市场规模测算、看板与报告、Notebook 和数据质量评估，可连接数仓与 BI 工具。

Anthropic 官方的漏洞发现与修复参考实现：在仓库内用 Claude Code 技能做威胁建模、静态扫描、分诊与补丁生成，另附侦察→发现→验证→报告→修补的自主流水线（默认针对 C/C++ 内存漏洞，需 Docker 与 gVisor 沙箱）。官方已声明不再维护。

用自然语言管理 Kubernetes 集群：把意图翻译成 kubectl 操作并执行，也可作为 MCP 服务器供其他 agent 调用。默认用 Gemini（需 API Key），也支持 OpenAI、本地模型等。Google Cloud 官方维护。

开源的大模型评测平台，opencompass 命令一行指定模型与数据集即可跑评测，覆盖上百个基准，既能评测本地 Hugging Face 模型也能评测 API 模型，并支持 vLLM、LMDeploy 加速推理。

更直观的查找替换工具（sed 替代）：使用 JavaScript / Python 风格的正则语法，支持字符串字面量模式与原地修改文件，适合 agent 批量改写文本。

在 Jupyter Notebook 与普通 Python 脚本或 Markdown 之间互相转换、双向同步的工具，让 agent 能像改普通文本一样修改科研和教学用的 notebook，版本对比也更清楚。需要本机 Python 环境，用 pip 安装。

向 arXiv 投稿前清理 LaTeX 工程：删除注释、辅助文件和未被引用的 tex 与图片，可按需压缩图片，避免内部批注随源码公开。Google Research 出品，macOS 可用 Homebrew 安装。