工具集

OpenAI 官方 Codex 插件，含 18 项技能：为数据选图并设计、实现、测试与导出网页图表、地图、仪表盘、甘特图与 UML，支持 D3、Vega-Lite、Three.js，重视无障碍与响应式。仅支持 Codex。

OpenAI 官方 Codex 插件：从 BCL/FASTQ 测序数据出发，引导完成质控、RNA-seq 差异表达、单细胞、变异检测、宏基因组等分析，优先用 nf-core 等公开流程并留下可复现的运行记录。需要 Codex 和本机生信工具（插件会先检查并给出安装计划）；结果仅供科研，临床使用须专业人员复核。

在 Codex 里按 OpenAI 最佳实践开发：调用 OpenAI API、用 Agents SDK 构建和部署代理、搭建 ChatGPT App 并生成提审材料，可直接创建 API Key。OpenAI 官方维护，仅支持 Codex。

创建、修改与校验可复现的 Python / SQL Jupyter Notebook：按分析报告或教程结构组织单元格，结论对照实际输出，交付前从头到尾执行一遍。OpenAI 官方维护，属于 openai/plugins 的 Data Analytics 插件。

OpenAI 官方生命科学技能组：49 个技能用 Python 脚本查询 UniProt、ClinVar、gnomAD、AlphaFold 等公共数据库，另有路由技能拆解问题、规范实体并汇总有出处的证据。主要按 Codex 编写。

用自然语言管理 Kubernetes 集群：把意图翻译成 kubectl 操作并执行，也可作为 MCP 服务器供其他 agent 调用。默认用 Gemini（需 API Key），也支持 OpenAI、本地模型等。Google Cloud 官方维护。

开源的大模型评测平台，opencompass 命令一行指定模型与数据集即可跑评测，覆盖上百个基准，既能评测本地 Hugging Face 模型也能评测 API 模型，并支持 vLLM、LMDeploy 加速推理。

更直观的查找替换工具（sed 替代）：使用 JavaScript / Python 风格的正则语法，支持字符串字面量模式与原地修改文件，适合 agent 批量改写文本。

在 Jupyter Notebook 与普通 Python 脚本或 Markdown 之间互相转换、双向同步的工具，让 agent 能像改普通文本一样修改科研和教学用的 notebook，版本对比也更清楚。需要本机 Python 环境，用 pip 安装。

向 arXiv 投稿前清理 LaTeX 工程：删除注释、辅助文件和未被引用的 tex 与图片，可按需压缩图片，避免内部批注随源码公开。Google Research 出品，macOS 可用 Homebrew 安装。

Python 编写的网页正文提取库与命令行：抓取网页，可跟随站点地图与 RSS 批量采集，去除页眉页脚等噪声，输出 TXT、Markdown、JSON、XML 等格式并附元数据，也能离线处理已下载的 HTML。

Anthropic 官方的系统级沙箱命令行：无需容器即可限制 agent、MCP 服务器与任意命令的文件和网络访问，macOS 用 sandbox-exec、Linux 用 bubblewrap。目前是研究预览版。

CI/CD 配置的安全静态分析工具：找出 GitHub Actions 工作流中的模板注入、凭据泄露、权限过大等问题，也覆盖 Dependabot 与 pre-commit 配置，部分问题可自动修复。

按模板生成数据可视化：根据数据形状从 Lupi、Basics、Glance、Maps 等图表库的真实实现中选型，产出双击即可打开的单文件 HTML 图表，也可套用 12 套中英文整页报告模板；默认 Mono 灰阶，可按数据语义选内置彩色预设或用户色板。面向非程序员，技能说明为中文。

14 个 n8n 工作流技能：表达式语法、MCP 工具用法、节点配置、校验排错、Code 节点、AI Agent 工作流与自建 n8n 部署。需要配合 n8n-mcp 服务器使用。

老牌 CSV 命令行工具集：in2csv 把 Excel、JSON 转成 CSV，csvcut、csvgrep、csvsort 筛选排序，csvstat 做统计，csvsql 直接对 CSV 跑 SQL。

Google 官方的 ADK agent 开发技能组：开发流程、项目脚手架、ADK Python API、评测（LLM 评审与自适应评分标准）、部署到 Agent Runtime / Cloud Run / GKE、发布与可观测性。需配合 agents-cli 命令行，本地开发只需 AI Studio API Key。

Posit 出品的开源科技出版系统，基于 Pandoc：在 Markdown 或 Jupyter 笔记本中嵌入 Python、R、Julia 代码，quarto render 生成 HTML、PDF、Word、幻灯片、网站与书籍。

Docker 官方命令行，构建镜像、运行和管理容器、查看日志并推送到镜像仓库，是 agent 搭建隔离运行环境的基础工具。需要本机或远程的 Docker 引擎（如 Docker Desktop）。

pnpm 包管理器的参考：命令行、pnpm-workspace.yaml 配置、monorepo 工作区、内容寻址存储、catalogs、overrides、patches、构建审批等供应链安全设置与任务编排，以及 CI 配置和从 npm、Yarn 或旧版本迁移。基于 pnpm 12，由 Anthony Fu 从官方文档生成。

面向计算机与 AI 方向研究者的半自动科研工作流：选题构思、Zotero 文献整理、实验结果分析与报告、论文写作润色和审稿回复，可接入 Obsidian 知识库；含 40 多个技能，也可作为 Claude Code 插件安装。

面向计算机与 AI 研究者的半自动科研助手：串起选题、Zotero 文献整理、实验分析与报告、论文写作与审稿回复，并用 Obsidian 沉淀项目知识。另有 Codex 等分支版本。

draw.io 官方 MCP：把 agent 生成的 XML、CSV 或 Mermaid 图直接在 draw.io 编辑器中打开，适合画流程图与架构图；另有免安装的远程版可在对话中内嵌显示。

借用控制论中设定点、传感器、控制器、执行器的概念，通过访谈与用户一起为代码库设计「agent 控制回路」：用现有工具度量与目标的差距，每次挑一小步低风险改动交给编码 agent 完成并提 PR；先让各部件能在本地单独运行，再接入定时的 CI 工作流。