工具集

OpenAI 官方 Codex 插件：从 BCL/FASTQ 测序数据出发，引导完成质控、RNA-seq 差异表达、单细胞、变异检测、宏基因组等分析，优先用 nf-core 等公开流程并留下可复现的运行记录。需要 Codex 和本机生信工具（插件会先检查并给出安装计划）；结果仅供科研，临床使用须专业人员复核。

OpenAI 官方 Codex 插件：引导 Codex 在网站代码里接入 OpenAI Ads 测量像素和可选的转化 API（CAPI），附本地校验脚本与密钥、去重处理指引，用来统计广告转化。需要网站源码仓库和 OpenAI Ads 广告账户，上线前需人工审查。

OpenAI 官方 Codex 插件：内置约 50 个技能，按问题路由检索遗传学、组学、通路、蛋白结构、化学与临床证据，可用并行子代理分头取证，再综合成有出处的结论。

OpenAI 官方 Codex 插件：通过本机 Zotero 桌面端的本地 API 检索文献库、导出 BibTeX、向 LaTeX 或 Markdown 草稿插入引用，并在确认后导入新文献。需安装 Zotero 桌面端。

把文章、报告、论文或课程笔记做成整页图片式 PPT：先定大纲和风格，再逐页生图并组装成带演讲稿备注的 .pptx，内置教学课件、科研答辩等 12 种风格；页面文字不能直接编辑。在 Codex 里可用内置生图，在 Claude Code 里需自备 OpenAI 兼容的生图 API Key，电脑上还需装有 Python 3。

对整个仓库或 PR、提交等代码变更做安全扫描，并提供威胁建模、漏洞研判、修复与复验，报告可导出 JSON、SARIF 等格式。OpenAI 官方 Codex 插件，需要开通 Codex Security 访问权限。

Consensus 官方 Codex 插件，接入其远程 MCP 检索 2.2 亿篇同行评审论文，用于文献综述、参考书目、研究空白分析与带引用的写作。需登录 Consensus 账号，免费档返回结果条数有限。

OpenAI 官方 Codex 插件市场（openai-curated），收录 Figma、Notion、GitHub、Stripe、Vercel 等 60 多个插件，把技能、MCP 与应用连接打包安装。

把网页抓取成 Markdown 或结构化数据，支持整站爬取、站点地图、网页搜索与动态页面交互。Firecrawl 官方维护，云端需要 API Key（也可自托管）；托管端免密钥时仅开放抓取、搜索与解析。

Anthropic 官方的漏洞发现与修复参考实现：在仓库内用 Claude Code 技能做威胁建模、静态扫描、分诊与补丁生成，另附侦察→发现→验证→报告→修补的自主流水线（默认针对 C/C++ 内存漏洞，需 Docker 与 gVisor 沙箱）。官方已声明不再维护。

李继刚的技能合集（20 余个）：概念解剖、拆书、论文精读、白话改写、知识地图、观点成文、内容铸卡等，把结构化思考类 prompt 做成可调用技能。默认输出 Org-mode，md 分支提供 Markdown 版。

让 agent 操作 Home Assistant 智能家居：控制设备、查询状态与历史，创建并调试自动化、编辑仪表盘，共 80 多个工具。社区维护（非官方），需自有 Home Assistant 实例，uvx 方式运行还需长期访问令牌。

用自然语言管理 Kubernetes 集群：把意图翻译成 kubectl 操作并执行，也可作为 MCP 服务器供其他 agent 调用。默认用 Gemini（需 API Key），也支持 OpenAI、本地模型等。Google Cloud 官方维护。

开源的大模型评测平台，opencompass 命令一行指定模型与数据集即可跑评测，覆盖上百个基准，既能评测本地 Hugging Face 模型也能评测 API 模型，并支持 vLLM、LMDeploy 加速推理。

Tw93 出品的精简工程习惯技能包：/think 推敲方案、/hunt 定位根因、/check 评审 diff、/ui 前端界面、/write 中英文润色等 8 个技能，同时支持 Claude Code 与 Codex。

更直观的查找替换工具（sed 替代）：使用 JavaScript / Python 风格的正则语法，支持字符串字面量模式与原地修改文件，适合 agent 批量改写文本。

把任意文件夹变成 Markdown 任务看板：让 Claude Code、Codex 先把需求拆成带验收标准的任务，人审阅后再动手，终端和浏览器里都能拖动管理，也可以不用 Git 做个人计划。需要 Node.js 或 Homebrew，本地运行、无需账号。

通过 Chrome 扩展把你正在使用的浏览器会话交给 agent：读取控制台日志与网络请求、截图，并运行 Lighthouse 性能、无障碍与 SEO 审计，无需重新登录。

在 Jupyter Notebook 与普通 Python 脚本或 Markdown 之间互相转换、双向同步的工具，让 agent 能像改普通文本一样修改科研和教学用的 notebook，版本对比也更清楚。需要本机 Python 环境，用 pip 安装。

向 arXiv 投稿前清理 LaTeX 工程：删除注释、辅助文件和未被引用的 tex 与图片，可按需压缩图片，避免内部批注随源码公开。Google Research 出品，macOS 可用 Homebrew 安装。

Python 编写的网页正文提取库与命令行：抓取网页，可跟随站点地图与 RSS 批量采集，去除页眉页脚等噪声，输出 TXT、Markdown、JSON、XML 等格式并附元数据，也能离线处理已下载的 HTML。

Anthropic 官方的系统级沙箱命令行：无需容器即可限制 agent、MCP 服务器与任意命令的文件和网络访问，macOS 用 sandbox-exec、Linux 用 bubblewrap。目前是研究预览版。

CI/CD 配置的安全静态分析工具：找出 GitHub Actions 工作流中的模板注入、凭据泄露、权限过大等问题，也覆盖 Dependabot 与 pre-commit 配置，部分问题可自动修复。

一条命令为网页、PDF、YouTube 视频、播客和音视频文件提取正文或生成摘要，可输出 JSON；摘要可用多家模型 API、本地模型或已登录的 Codex / Claude CLI，只提取正文不需要 Key。另有浏览器侧边栏扩展。